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关于个人笔记本选择
首选是MacBook Pro
主要原因是mac的的使用方法和逻辑和Linux有很多共同的地方,初次学习生信的话有操作系统转换的问题,使用mac会加快这种转换的速度。
另外使用mac登录远程登录Linux会方便很多,Linux其实是类Unix系统,而mac就是Unix系统,所以很多软件安装上有相似的地方,使用终端和Linux基本一致。mac自带终端,比Windows的命令行不知道高到哪里去了。
mac相对于Linux有点来说就是生态比较好,不,是好太多。从我的使用经验来说,如果只是进行编程和工作的话,那么mac和Linux的区别不是很大,但是假如用笔记本的话还是需要很多其他软件的支持的,比如娱乐软件,办公软件,PS之类的,虽然Linux下都替代方案,但是因为Linux的系统太自由,如果想不出冲突把所有软件安装的好的话,花费的时间太久了,实际上浪费了很多时间成本。
还有就是mac的retina屏幕,用过的话真的就是回不来了。
作为未来5年甚至更长时间的生产力工具,有条件的话最好换成mac系统。
普通wintel电脑
应该手头都有笔记本电脑,但是大多数装的事Windows系统,我的建议是装Linux和Windows双系统。原先我比较激进,觉得Linux完全能胜任几乎所有工作,有一篇文章《完全用Linux工作》说的就是这个,我也很受这篇文章的影响。但是对于大部分生信人来说已最低成本解决工作环境是最重要的问题,用Linux搭建一个合适的工作环境就行了,像普通办公或者娱乐需求还可以切回到Windows系统。
现在不管是Ubuntu还是Centos安装方式都很友好,支持现在大多数笔记本电脑,做好系统备份后可以尝试自己安装一个双系统。
打算用Windows做开发的,我觉得为了你的笔记本好,还是算了吧,免得那一天出现莫名其妙的错误让你把电脑给砸掉。
关于计算服务器
不管你的笔记本是MacBook Pro还是外星人,都不建议直接在笔记本上长时间运行类似于比对这样运算量大,读写多的程序。
同样的,台式机也是,不管你的台式机用了i7还是i9多高端的CPU,即使台式机吃鸡毫不费力,也不要用这些机器去执行任务。
原因主要是以下几点:
- 大量读写对硬盘,内存,CPU压力都很大,普通家用机或者高端游戏机都无法长时间胜任这种工作,尤其是笔记本,运算的高温及频繁读写那就是致命伤害
- 大数据的存储和计算需要稳定的设施,需要有服务器级别主板支持
原先实验室用找人攒了一台性能不错的电脑,照着高端游戏机配置的,结果一星期写坏一块硬盘,连着坏了四块,两个月后主板就烧了。耽误时间就不说了,关键是数据安全性无法保证。
实验室服务器购买建议
能买机架式的就买机架式的,放进机柜里管理比较方便。
搭配一个备用电源UPS,不用容量太大,能够断电后给一个保存数据关机的时间就可以了。
实验室小的话就买一个塔式服务器的,塔式服务器的就和普通电脑外观差不多,就是机箱会大一点。
一定要搭配成raid卡,把硬盘设置成raid5,硬盘属于消耗品,防止损坏后出现数据丢失。
品牌选择不一定选择Dell这些大牌,Lenovo也不错,浪潮、曙光这样的小型服务器也挺好用,性价比高,告诉他们需求会帮着配置一台性能不错的,大概用不到两万就能配一台性能不错的计算服务器,这个价格买Dell的话可能只能买0.5台。
淘宝搜索二手服务器,找一些刚淘汰下来的服务器用来做计算也是一个不错的选择。
有条件的话最好把服务器托管到学校的机房。
工具语言的选择
根据实验室的环境来选择吧,R中的Bioconductor中集成了很多生物学包,而且统计功能很强大。
离开圈子两年了,个人感觉现在Python对于科学计算的势头越来越盖过R了。
反正这两个语言都是生信绕不过去的,所以都需要了解,而且要精通其中一个。
还有Shell,作为抡起来就能用的锤子,常用的套路还是要掌握的,否则容易砸着手。
另外还有git的,用来进行项目版本管理,这个肯定需要熟练用,用熟了其实就几个命令,但是带来的效率的提升可不是一星半点。
编辑器的话R语言用Rstudio,本地和服务器都安装一个,用起来很方便。
其他编程语言的话可以用vscode,轻量全平台支持,写起代码很舒服,熟悉后可以安装很多插件,辅助自己编程
写于2019年9月,后期继续补充。
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